Para que o BNDES alcance clientes potenciais em todo o território nacional e também no exterior, grande parte de suas operações é realizada de forma indireta, por meio de parceria com uma rede de instituições financeiras credenciadas. Essas instituições, também chamadas de agentes financeiros, são as responsáveis pela análise e pela aprovação do financiamento, bem como pela negociação de garantias com o cliente, e assumem o risco de crédito junto ao BNDES.
O empresário deve consultar a possibilidade de utilização de fundos garantidores, como o BNDES FGI e o FGE, para minimizar a exigência de garantias exigidas pelo agente financeiro e possibilitar um custo mais baixo do que aqueles envolvidos na constituição da garantia, além de potencialmente reduzir o risco percebido pela instituição financeira na operação.
Em algumas linhas de financiamento à exportação do BNDES, é pré-requisito que o importador entre em contato com uma instituição financeira no exterior admitida como garantidora, a fim de que esta realize a análise e aprovação do crédito, e de que negocie as garantias da operação.
O BNDES estabelece normas com as condições a serem seguidas para concessão do crédito pelos agentes financeiros; homologa as operações já aprovadas, acompanha e fiscaliza as operações contratadas; e presta informações diretamente ao empresário, caso solicitado.
São oferecidos treinamentos à distância - Trein@ BNDES - direcionado aos agentes financeiros repassadores e interessados no apoio financeiro do BNDES para disseminar conhecimento sobre as formas de apoio indireto automático do BNDES.
Por fim, desde 2020, o reconhecimento BNDES dos agentes financeiros relaciona aqueles que tiveram os melhores resultados no período. A avaliação é feita com base em critérios divulgados com antecedência.